类风湿性关节炎（RA）是一种常见的自身免疫疾病，由于产生自身抗体，导致持续的滑膜炎症，造成机体损伤甚至致残。世界范围内，RA的发病率约为0.5-1%，其中北美的印第安人为高发群体，发病率约为5.3-6.8%，而在中国人与日本人中，发病率约为02-0.3%.女性与男性的发病比率约为2:1。
RA是一种慢性炎症疾病，其发病机制比较复杂。滑膜是炎症发生与关节损伤的主要组织，其中T细胞、B细胞和多种炎性细胞因子在RA的致病机理中具有重要作用。RA中存在大量的自体反应性B细胞，能够分泌自身抗体，类风湿因子，并且激活T细胞，进一步产生大量的炎症因子，在滑膜中形成炎症复合物引起滑膜炎，进一步发展造成周围正常细胞和组织损伤。虽然RA的发病机制至今并未研究清楚，但其在发生发展过程中的一些信号通路已得到研究人员的认识并据此已经开发出了有效的生物靶向治疗方法。
RA的发生是环境因素与遗传因素共同作用的结果。吸烟，病毒感染，激素等因素都会对RA的发生产生影响。而研究者对对RA发病的遗传因素的研究一直都在进行。这方面的研究主要分为两个方面。
首先是通过大量样本的全基因组关联分析（GWAS）鉴定发现新的RA易感基因。近几年，通过对新的病例样本和已发表的数据库结合分析，新发现了超过个RA的易感基因，包括HLA，PTPN22，PADI4，RASGRP，CCR6等。但是常见的变异只能解释一小部分RA的遗传因素，剩下的遗传性可能是由稀有变异（等位基因频率1%）引起的。而传统的通过基因芯片进行基因分型的GWAS却很难检测到这种稀有变异。随着二代测序技术的成熟，通过对全外显子或全基因组测序使发现稀有变异成为可能，发现新的易感基因，以及涉及到RA发病的信号通路和细胞。
另一方面则是基因信息在临床上的应用。包括根据基因型预测RA患者的病情发展，以及个体患者对不同药物的效率应答。国内也开展了很多基因差异与药物治疗效率的关系研究。如尽管甲氨蝶呤（MTX）是治疗RA的首选药物，但仍有部分患者对MTX的治疗不敏感，甚至出现严重的副作用。因此，通过目前的二代测序技术鉴定对不同药物治疗敏感的稀有变异，也会为患者的用药指导提供有效帮助。
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